Rumunjska graniči s rijekom Dunav na predjelu dužem od 1 000 km. Taj dio rijeke prelazi preko vlaške nizine u smjeru istoka. U blizini grada Calarsija, Dunav se razilazi u dva toka (Borcea i stari Dunav), okružujući veliki otok (Balta Ialomitei), koji se uglavnom koristi za poljoprivredu. Dunav potom skreće prema sjeveru, pod pritiskom brda na platou Dobrudže koja odvajaju rijeku od Crnog mora. Rijeka stvara još jedan otok, malo močvarno područje Braila, Ramsarsko područje, koje je još uvijek uglavnom pokriveno poplavnim šumama i močvarama.

U blizini grada Galatija, gdje je Dunav širok otprilike 1 km, rijeka dolazi do sjeverne točke brda Dobrudže, koje je formirala geološki stara (hercinska) planina Macin. Rijeka tu ponovo skreće prema istoku, razdvaja se u nekoliko tokova pri prolasku kroz dunavsku deltu, kako bi došla do Crnog mora.

Kod Galatija, blizu najsjevernije točke zavoja Dunava oko planine Macin, Dunav prima svoja zadnja dva pritoka, rijeke Siret (ukupne dužine 470 km) i Prut (ukupne dužine 953 km). Donji tok rijeke Prut prolazi kroz približno 300 km dugačku poplavnu nizinu (s otprilike >400 km² funkcionalne poplavne nizine) s još uvijek slobodnim tokom, koji je skoro dva puta dulji zbog svoje izrazite zavojitosti. Rijeka zato predstavlja važan pravac selidbe u smjeru sjever-jug te ulaz u rezervat biosfere delte Dunava. Prut također označava granicu između Rumunjske i Moldavije. Najniži dio poplavne nizine zaštićen je s rumunjske strane u sklopu Parka prirode poplavna nizina donjeg Pruta (Rumunjska), a s moldavske strane sa znanstvenim rezervatom Donji Prut i jezerima Beleu i Manta – Ramsarskim područjima površine 14 400 ha močvara.

Park prirode poplavna nizina donjeg Pruta, s duljinom od otprilike 145 km i površinom od 8 247 ha, uključuje rumunjski dio meandara, šumskih područja (2 627 ha), bara i jezera (4 925 ha), kao i tršćake sve do poplavnog nasipa, kao i Dunav od ušća rijeke Prut uzvodno do Galatija pa do jezera Brateş.

Na hidromorfologiju rijeke Prut utjecala je gradnja brane Stanca-Costesti na srednjem dijelu Pruta (ukupni volumen: 1 400 milijuna m³, duljina: 60 km) koja je odsjekla rijeku Prut od bogatih sedimentarnih nanosa u gornjem toku rijeke. Glavna karakteristika rijeke je bioraznolikost. Unatoč tome što je poplavna nizina smanjena s nasipima, mnoga prirodna staništa i vrste su još dobro očuvani.