Die Donau erreicht die Slowakei durch die so genannte Hainburger Pforte, ehemals Porta Hungarica, eine Durchbruchstrecke, am Ende der Karpaten. Sie durchfließt das Land auf der Länge von 172 km. In diesem Abschnitt, zwischen den linksseitigen Nebenflüssen Drau und Ipel, wurden mehrere Schutzgebiete einschließlich von Teilbereichen der Donauauen ausgewiesen. Sie enthalten ein reiches Netz von Flussarmen und daran angrenzender Feuchtgebiete.Vor allem im westlichen Teil des Gebiets, in dem die Donau ihren Charakter von einem schnell fließenden Gebirgsfluss zu einem stattlichen und langsam fließenden Tieflandfluss verändert, ist das verzweigte Flusssystem besonders gut ausgeprägt und bildet zwischen den Dörfern Dobrohošť und Sap ein so genanntes „Binnendelta“, das größte in Europa. Die hohe Flussdynamik kreiert ein einzigartiges Mosaik unterschiedlicher Lebensräume, die durch das Hochwasserregime geformt werden. In der Vergangenheit waren die bedeutendsten Seitenarme auf slowakischer Seite die Kleine Donau sowie auf der ungarischen die Moson-Donau. Sie umgeben die Gebiete Žitný und die Insel Szigetköz, die sehr fruchtbare Böden besitzen und gleichzeitig das größte Trinkwasserreservoir in ganz Europa bilden. Während der letzten 200 Jahre hat sich allerdings der Wasserhaushalt an der Donau dramatisch verändert: Beschneidung der Überschwemmungsflächen durch den Bau von Hochwasserschutzdeichen und Stauhaltungen, Begradigung, Ausbaggerungen und Eindeichung des Flussbettes. Zahlreiche Seitenarme wurden abgeschnitten, seitdem stagniert das Wasser dort. Aufgrund fehlender dynamischer Prozesse entstehen keine neuen Verzweigungen. Zur Verbesserung der internationalen Schifffahrt und zur Produktion elektrischer Energie ging im Jahr 1992 das Kraftwerk Gabčíkovo in Betrieb, was mit mehreren negativen Auswirkungen verbunden war. Dies waren zunächst ein Ansteigen der Wassertiefe und eine Erhöhung der Fließgeschwindigkeit sowie ein darauf folgender Schwund von Flussschotter (zusätzlich verstärkt durch kontinuierliche Kiesentnahme), was zu einem Rückgang von Vogelarten führte, denen die Schotterbänke als Brutplätze dienen. Des Weiteren kam es zu einer Absenkung des Grundwasserspiegels und zu einer Absenkung der Wasserstände in den Seitenarmen. Glücklicherweise verbessert sich die Situation dank verschiedener Naturschutzmassnahmen während der letzten Jahre. BROZ setzt seit Jahren Maßnahmen zur Reaktivierung abgeschnittener Seitenarme auf dem gesamten Donauabschnitt der Slowakei um.