Das Mosaik aus Land- und Wasserökosystemen ist die Ursache der reichen Biodiversität in Gornje Podunavlje. Auwälder, Wälder, Moore und Sümpfe sind die Heimat von Hirsch und Eichen. Wasser ist der Lebensraum für seltene und bedrohte Pflanzenarten wie Tannenwedel (Hippuris vulgaris), Wasserfeder (Hottonia palustris), Großer Hahnenfuß (Ranunculus lingua), Weiße und Gelbe Seerose und Fleischfarbenes Knabenkraut (Dactylorhiza incarnata). In 51 Pflanzengesellschaften sind insgesamt über 1.000 Pflanzenarten vertreten. Die Region Gornje Podunavlje ist Lebensraum für 55 verschiedenen Fischarten, 11 Arten von Amphibien, 9 Reptilienarten, 230 Vogel- und 51 Arten von Säugetieren sowie einer Vielzahl von Wirbellosen dar, darunter die faszinierende Fauna von Schmetterlingen mit über 60 Arten. Die äußerst wertvollen Eichenwälder aus der Karapandža-Region sind weithin bekannt, ihr Holzvorrat wird auf über 600 Kubikmeter pro Hektar geschätzt. Damit gehören sie zu den wüchsigsten ihrer Art im Land. Die Eichen werden deshalb zur Gewinnung genetisch sehr wertvoller Samen verwendet.

Über 30 Tierarten befinden sich auf der der vorläufigen Liste der natürlichen Raritäten der Flora Serbiens. Tierarten von besonderer Bedeutung sind:

- Seeadler (Haliaetus albicilla) - einer der größte Beutegreifer Mitteleuropas und ist in ganz Europa gefährdet. Unter den dreißig Paaren, die in Serbien und der Vojvodina beheimatet sind, brütet jedes dritte auf dem Gebiet des Sonderschutzgebietes Gornje Podunavlje.

- Schwarzstorch (Ciconia nigra) - eine Art, die in Serbien besonders geschützt wurde. Im Bereich des Reservats gibt es 20-25 Brutpaare, die ein Viertel der Gesamtpopulation in Serbien ausmachen.

- Kormoran (Phalacrocorax carbo) - eine Art, die in Serbien während des 20. Jahrhunderts ausgestorben war. In den letzten fünfzehn Jahren gab es Fortschritte in der Wiederansiedlung. Es gibt inzwischenwieder vier Brutkolonien.

- Die Kolonien der Reiher (Ardea spec., Ardeola spec., Nycticorax spec., Egretta spec.) – In einer detaillierten Kartierung im Jahr 1999, wurden fast alle Reiherarten im Schutzgebiet festgestellt. Es gibt mehrere dauerhafte Brutkolonien.

- Wildenten (Anas spec., Aythya spec.) und Gänse (Anser spec.) - Arten, die sich im Gebiet vor allem im Winter und währenddes Vogelzuges aufhalten. Innerhalb dieser Zeit können mehrere zehntausend Individuen in der Region beobachtet werden.