A védett területek a Duna mentén terülnek el, a Sió-csatorna torkolatától az ország déli határáig. Az itt elhelyezkedő két tájegység, Gemenc és Béda-Karapancsa a Nagyalföld részét képezi. A Duna esése itt már kisebb mértékű, s emiatt a víz sebessége lecsökken, s a folyó középszakasz jelleget ölt. Korábban a folyó kanyargott, homok- és iszapzátonyokat képzett, medrét folyamatosan változtatta. A túlfejlődött kanyarulatok átvágódtak, amelynek eredményeként holtágak, a mélyebb területeken tavak alakultak ki. A folyószabályzások ezt az állapotot alapjaiban megváltoztatták. A szabályozások részeként a téli jeges áradások gyorsabb levezetése és a hajózás megkönnyítése céljából a kanyarulatokat átvágták, a partoldalakat, gátakat kiépítették. Az ily módon meggyorsult folyású víz a medret mélyíteni kezdte, így a vízállás alacsonyabb lett, s a talajvíz szintje is jelentős mértékben mélyebbre szállt. A Sárköz vidékén, ahol a tájat holtágak teszik változatosabbá, a gátak védvonalát a folyótól viszonylag nagyobb távolságban, a Kalocsai Érsek birtokának határán építették meg. Így maradhatott fenn Gemenc, Európa legnagyobb összefüggő ártéri területe. A XVIII. század végéig, a területen élők az árvizek megakadályozásával nem próbálkoztak. Sőt, ellenkezőleg: igyekeztek minél nagyobb területeket bekapcsolni ebbe a természetes vérkeringésbe. A Dunán évről évre a területre érkező óriási mennyiségű vizet mesterséges csatornákon, úgynevezett fokokon át halászatra alkalmas tavakba, gödrökbe, kaszálórétekre és gyümölcsösökbe vezették. Ahogy az ár lassan emelkedett, az emberek mentették értékeiket és állataikat. Ezt a módszert nevezték fokgazdálkozásnak, ami az árvizek okozta kárt a minimálisra csökkentette, emellett az emberek számára megélhetést biztosított, elsősorban is bőséges halzsákmányt. A halászat mellett az ártéri területeken a legjelentősebb gazdálkodási mód a legeltető állattartás volt: elsősorban lovat és szürkemarhát (Bos primigenius taurus hungaricus) tartottak. A rendszer működését a fokok biztosították; némelyik fok több tó vízellátását is biztosította. A fokok karbantartása nagy szakértelmet igényelt, és jelentős volt az élőmunka-igénye.