A Duna-medence jelenlegi képe mindössze néhány ezer év leforgása alatt formálódott ilyenné. Az utolsó jégkorszakot követően az olvadás eredményeként a Duna vízmennyisége megsokszorozódott, és a hegyek között széles, mély, völgyet vágott magának, kialakítva ezáltal a Dunakanyar csodálatos látképét. Hordalékát lerakva a Duna a mai nemzeti park területén szigeteket alkotott, többek között a részben védelem alatt álló Szentendrei-szigetet.

A Dunában olyan, ritka halfajok élnek, mint például a magyar bucó, (Zingel zingel), a német bucó (Zingel streber) vagy a selymes durbincs (Gymnocephalus schraetser). Mivel gyors sodrású vizet igényelnek, mindhárom említett faj a főágban él. Éjszaka aktívak, táplálékukat a sekély vízben keresik. Kistestű állatokat és a víz által hordott szerves törmeléket fogyasztanak, amit a mederfenéken, a kavicsok között, vagy a kavicsok feletti vízrétegben keresnek. Ivadékuk is a sekély, gyors sodrású vízben fejlődik.

A Dunában élő fajok közül azok a legértékesebbek, amelyek a Dunában vagy befolyó vizeiben fejlődtek ki. E fajok elterjedése is jórészt ezekre a vizekre korlátozódik, így védelmük is csak itt valósítható meg. A kotrások következtében e fajok állományai súlyos károkat szenvedtek. Ha a folyószabályozási tevékenység tovább folytatódik, az az eltűnésükhöz vezethet a Duna ezen szakaszáról.