A Duna több mint 1000 km-es szakaszon folyik Romániában, ennek nagy részén határfolyó. A romániai Duna-szakasz északi irányban átszeli a Havasalföldet, Calarasi városának közelében két ágra szakad (Borcea-ág és a Régi Duna), körülölelvén a Balta Ialomitei nevű szigetet, amelyet leginkább mezőgazdasági célokra hasznosítanak. Ezután a Dunát a Dobrudzsa-fennsík dombjai észak felé irányítják tovább, elválasztva a folyót a Fekete-tengertől. Folyása során egy újabb szigetet formál, a Brailai Ramsari vizes élőhelyet (Kis Sziget), amelyet máig nagyrészt ártéri erdők és mocsarak borítanak.

Galaţi városának közelében az itt csaknem 1 kilométer szélességű Duna eléri a Dobrudzsa dombvonulatának északi csücskét, a geológiai szempontból idős (variszkuszi) Macin hegység részét. Emiatt a folyó itt keletnek fordul, és a Duna-deltán keresztül a Fekete-tenger felé igyekezve számos ágra oszlik.

Galaţi városánál, a Dunának a Macin-hegységet megkerülő szakasza legészakibb pontja közelében éri el a Dunát két utolsó mellékfolyója, a Siret (470 km teljes hossz) és a Prut (953 km teljes hossz). Alsó szakaszán a Prut mintegy 300 km hosszú ártéri síkot alakított ki (melyből több mint 400 km² ma is működő ártér), s ezen szabadon folyik végig, jól fejlett kanyarulatai révén körülbelül kétszeres úthosszt téve meg. A folyó ennek következtében fontos észak-déli vándorlási folyosó, és a Duna-Delta Bioszféra Rezervátum bejárata egyben. A Prut ezen kívül a Románia és Moldova közötti országhatárt is kijelöli. Árterének legalsó része a román oldalon Alsó-Prut Ártéri Természeti Park néven élvez védelmet, a moldáv oldalon pedig az Alsó-Prut Természeti Park, a Beleu-tó és a Manta-tó Ramsari területei találhatók, összességében 14 400 hektárnyi vizes élőhelyükkel.

A 145 kilométer hosszan elterülő, 8247 ha területű Alsó-Prut Ártéri Természeti Park a folyókanyarulatok román területre eső részét, erdősült területeket (2627 ha), tavakat (4925 ha) foglal magába, ezen kívül az árvízvédelmi töltésig húzódó nádas mocsarakat, valamint magát a Duna folyamot a Prut torkolatától felfelé Galaţi városáig, és a Brateş tavat.

A Prut folyó hidromorfológiájára jelentős hatást gyakorol a Prut középső szakaszán megépült Stanca-Costesti völgyzárógátas vízierőmű (teljes víztérfogat: 1400 millió m³, teljes hossz: 60 km), amely a Prut alsó szakaszait megfosztotta a felsőbb szakaszok nagy mennyiségű hordalékától. A Prut legfőbb jellegzetessége a nagy biológiai változatosság. Annak ellenére, hogy az ártéri területek nagysága az árvízvédelmi gátak következtében lecsökkent, számos természetes élőhely és sok értékes faj maradhatott fenn.