Dunărea intră în Slovacia, prin așa-numitele Porţi Devin (fostele Porta Hungarica), o secțiune de defileu – unitate geografică formată la capătul crestelor carpatice, şi curge prin țară pe parcursul a 172 km. În această porţiune, între Morava și Ipeľ - afluenți săide pe malul stâng, au fost desemnate mai multe zone protejate, inclusiv Aria Peisagistică Protejată Luncile Dunării. Cuprinde o bogată reţea de braţe fluviale și complexe adiacente de zone umede. Mai ales în partea superioară a zonei – unde apele rapide caracteristice muntelui se transformă în râu mare și lent curgător de câmpie - sistemul de braţe este extrem de bogat dezvoltat și constituie așa-numita Deltă interioară a Dunării (între satele Dobrohošť și SAP), cea mai mare din Europa.

Activitatea puternicului fluviu a creat un mozaic unic de habitate diferite, formate de în urma inundațiilor. În trecut, cele mai proeminente brațe secundare au fost Mica Dunăre de pe partea slovacă și Dunărea Moson Ungară. Ele înconjoară zonele Insulelor Žitný și Szigetköz, reprezentative prin solul negru foarte fertil și, în același timp, prin cele mai mari depozite de apă potabilă în întreaga Europă.

Pe parcursul ultimilor 200 de ani, regimul apelor Dunării a fost schimbat dramatic – reducerea zonelor inundabile prin construirea unor diguri de protecție şi baraje, lucrări de rectificare a cursului, dragare și consolidare a malurilor. Numeroase braţe laterale au fost deconectate şi apa a devenit stătătoare. Datorită absenței unor procese dinamice nu se mai crează noi braţe fluviale. În 1992 barajul Gabčíkovo a intrat în exploatare cu intenția de a îmbunătăți navigația internațională și pentru a produce electricitate. Acesta fapt a fost însoțit de încă şi mai multe efecte negative. În primul rând creșterea adâncimii şi vitezei având drept consecinţă dispariția pietrişului (chiar amplificată prin extracțiile în curs de desfășurare), au afectat speciile de păsări care cuibăresc pe malurile de pietriș. Apoi scăderea nivelului apelor subterane şi, prin urmare, a volumul apei în braţele laterale.

Din fericire, situația devine mai bună datorită inițiativelor de conservare a naturii din ultimii ani. BROZ implementează măsuri de restaurare a braţelor fluviale în întreaga secțiune a Dunării din Slovacia.