Flora din Djerdap este reprezentată de aproximativ 1100 de taxoni (specii și subspecii) de cormofite. Prezența de relicve terțiare, dracilă (Berberis vulgaris), nuc (Juglans regia), iederă (Hedera helix), scumpie (Cotinus coggygria), clocotiş (Staphylea pinnata), Syringa vulgaris (liliac), sambovina (Celtis australis), laur (Ilex aquifolium), tisa (Taxus baccata), ghimpe (Ruscus aculeatus), cornişor (Ruscus hypoglossum), alun turcesc (Corylus colurna), fag (Fagus moesiaca, Fagus orientalis), în zona Parcului Național Djerdap implică aceste caracteristici străvechi.

Înainte de regularizarea Dunării și crearea rezervoarelor, partea din Djerdap a Dunării era populată de 60 specii de pești. Barajele Dunării au determinat o variație mare a nivelului apelor şi schimbări în relieful albiei. Astăzi, această parte a Dunării este populată de circa 58 de specii de pești. Cele mai importante specii de pești sunt somn (Silurus glanis), biban (Stizostedion lucioperca, Stizostedion volgensis), plătica (Abramis brama), clean (Leuciscus cephalus), nisetru (Acipenser ruthenus), mreană (Barbus barbus), cosac (Abramis ballerus) și altele.

Teritoriul Đerdap este locuit de 13 de specii de amfibieni, care sunt clasificate ca fiind strict protejate, cu excepția broaştei verzi care se încadrează în categoria de specii protejate. Unele dintre acest specii sunt salamandra de foc (Salamandra salamandra), tritonul (Lissotriton vulgaris), buhaiul de baltă cu burtă galbenă (Bombina variegata), broasca râioasă (Bufo bufo), brotăcelul (Hyla arborea), broasca roşie de pădure (Rana dalmatina) și altele.

14 din cele 25 de specii de reptile cunoscute pe teritoriul Serbiei trăiesc în Parcul Național Djerdap. Prezența a două specii de țestoase, șase specii de șopârle și șase specii de şerpi (doar una otrăvitoare) a fost înregistrată în Parcul Național Djerdap.

Zona Djerdap are o mare diversitate de păsări, cauză din care este clasificat ca Arie Importantă pentru Păsări. Prezența a peste 270 de specii de păsări, dintr-un total de 360 de specii înregistrate în Serbia, a fost confirmată în Parcul Național Djerdap.

De asemenea, aproximativ 60 de specii din cele 98 de specii de mamifere înregistrate pe teritoriul Serbiei sunt prezente în Parcul Național Djerdap. Printre speciile strict protejate sunt: chițcan de apă (Neomys fodiens), chițcan de pădure (Sorex araneus), guzgan roşu (Arvicola amphibius), pârș cu coada stufoasă (Dryomys nitedula), nevăstuica (Mustela nivalis), dihor (Mustela putorius) linx (Lynx lynx), precum și 14 de specii de lilieci.