Národný park Donau-Auen, založený v roku 1996, leží medzi dvomi európskymi hlavnými mestami – Viedňou a Bratislavou. Namiesto pôvodne plánovanej výstavbe vodnej elektrárne v Hainburgu, ktorej sa podarilo zabrániť, bol tento úsek Dunaja vyhlásený za národný park. S rozlohou cez 9 300 hektárov chráni tento park posledné zvyšky významných mokradí v strednej Európe. Dunaj, ktorý tu voľne preteká v dĺžke 36 km je hlavnou tepnou národného parku.

Človek tu stále môže nájsť neskrotnú energiu veľkej rieky, ktorá má silu formovať okolitú krajinu. Voda zo záplav periodicky vytvára mokrade, formuje nové vodné plochy, odnáša zem spolu so stromami a rastlinami, ktoré sú v nej zakorenené a prináša tak opäť nové voľné priestory. Keď začne voda ustupovať, sú tieto voľné priestory čoskoro pokryté novou vegetáciou – je to konštantný stav plynutia.

Najvýstižnejším opisom charakteru Dunaja, pretekajúceho cez Rakúsko, je pomenovanie “alpská rieka”. Priemerný sklon je tu 40 cm na kilometer a rýchlosť toku je 1 až 3 metre za sekundu. Topiaci sa sneh z Álp spôsobuje zvýšenú hladinu vody od neskorej jari do polovice leta, zrážky však môžu zvýšiť úroveň vody počas celého roka. Pre divú zver a rastlinstvo vytvára dunajské údolie migračnú trasu pozdĺž východo-západnej osi. Kvalita vody Dunaja v národnom parku je momentálne ohodnotená triedou kvality II.

Aj tu bola rieka ovplyvnená ľudským zásahom. Hlavný regulačný projekt nútil Dunaj, rieku s mnohými vetvami, vtesnať sa do pevne stanoveného koryta a odrezať mnohé bočné ramená od hlavného toku. Dlhé úseky brehov boli spevnené betónom a kameňmi. Ako medzinárodná vodná cesta bol Dunaj taktiež optimalizovaný pre riečnu dopravu, a to výstavbou plavebného kanála a ďalšími stavbami. Viacero z týchto zásahov sa krok za krokom podarilo odstrániť. Inovatívne opatrenia vodného inžinierstva, ako znovu pripájanie bočných ramien k rieke a odstránenie masívnych brehových opevnení, boli použité za účelom obnovenia prirodzených podmienok.

Rieka a jej brehy poskytujú ideálne prostredie jednak pre vzácne druhy rýb, ktorým sa darí v prúdiacich vodách, tak aj pre početné druhy vodného vtáctva, ktoré pre hniezdenie vyžaduje obnažený štrk , ako sú napr. kalužiak malý, kulík riečny. V neposlednom rade z toho prosperuje aj orliak morský. Štrkové brehy obsadzujú aj pionierske rastliny a vŕby.

Ekologicky najhodnotnešie miesta na Dunaji sa nachádzajú pri ústiach riečnych vetiev, na riečnych brehoch v neporušenom stave a na miestach s plytkou vodou.