Dnešný vzhľad Dunaja a jeho koryta bol sformovaný pomerne nedávno – zhruba pred desaťtisíc rokmi. V období po poslednej dobe ľadovej sa v dôsledku topenia ľadu niekoľkonásobne zvýšilahladina rieky a Dunaj vytvoril široký a hlboký prielom okolitým pohorím s nádhernou scenériou, ktorý sa označuje ako Ohyb Dunaja. V oblasti Národného parku Dunaj z prinášaného materiálu sformoval viaceré ostrovy. Jedným z nich je aj ostrov Szentendre, časť ktorého je chráneným územím.

Dunaj je domovom vzácnych druhov rýb ako je kolok veľký (Zingel zingel), kolok vretenovitý (Zingel streber) a hrebenačka pásavá (Gymnocephalus schraetser). Všetky tri druhy žijú v hlavnom koryte rieky, nakoľko vyžadujú prúdiacu vodu. Aktívne sú hlavne v noci, kedy si hľadajú potravu v plytkých vodách. Ich potravu tvoria predovšetkým drobné živočíchy a organický materiál unášaný vodou. Potravu zbierajú na dne rieky na kameňoch alebo medzi štrkom. Podobne aj plôdik týchto druhov rýb sa vyvíja v plytkých, rýchlo tečúcich úsekoch rieky.

Najhodnotnejšie druhy žijúce v Dunaji sú tie, ktoré sa v rieke prípadne jej bočných ramenách vyvíjali a ich súčasné rozšírenie je viazané prevažne na vody Dunaja. A preto je prežitie takýchto druhov možné iba v dunajských vodách. V dôsledku bagrovania a ťažby štrku v Dunaji sú práve tieto druhy vážne ohrozené a ďalšie regulačné opatrenia na toku by mohli viesť k ich úplnému vymiznutiu na tomto úseku Dunaja.