Dunaj hrá dôležitú úlohu vo formovaní flóry chránenej krajinnej oblasti Szigetköz. Vo vyšších častiach územia, kde je väčšie množstvo usadenín sa pozdĺž rieky nachádzajú vŕbové kroviny. Typickými predstaviteľmi sú vŕbapurpurová a vŕba trojtyčinková (Salix purpurea, Salix triandra). Medzi najznámejšie druhy patria vŕba biela (Salix alba), vŕba krehká (Salix fragilis), topoľ biely a topoľ čierny (Populus alba, P. nigra), jelša lepková (Alnus glutinosa), brest väzový (Ulmus laevis) a čerešňa vtáčia (Prunus avium). Pozdĺž mošonského Dunaja sa vyskytujú typické druhy pre túto oblasť ako je dub letný (Quercus robur), lieska obyčajná (Corylus avellana). Okrem divokých orchideí tu môžeme nájsť chránené rastliny ako sú horec pľúcny (Gentiana pneumonanthe), kosatec sibírsky (Iris sibirica), suchopýr úzkolistý (Eriphorum angustifolium). V Szigetköze sa nachádza 80% rýb typických pre faunu v Maďarsku, ako je pstruh potočný (Salmo trutta Faria), čík európsky (Misgurnus fossilis), blatniak tmavý (Umbra krameri), mrena obyčajná (Barbus Barbus), sumec západný (Silurus glanis), jeseter malý (Acipenser ruthenus) a lieň obyčajný (Tinca Tinca).

V tejto oblasti je možné vidieť veľký počet druh obojživelníkov typických pre Maďarsko. Medzi najčastejšie druhy patrí skokan zelený (Rana esculenta), skokan ostropyský (Rana arvalis), kunka červenobruchá (Bombina bombina) a rosnička zelená (Hyla arborea). Charakteristickým zástupcom plazov je užovka obojková (Natrix natrix). Počet vtáčích druhov pozorovaných v regióne sa odhaduje na 230. Patrí sem napríklad kormorán veľký (Phalacrocorax carbo), volavka popolavá (Ardea cinerea), chavkoš nočný (Nycticorax nycticorax), haja tmavá (Milvus migrans), kaňa popolavá (Circus pygargus) , bocian čierny (Ciconia nigra), volavka biela (Egretta alba), volavka červená (Ardea purpurea), orliak morský (Haliaeetus albicilla), kršiak rybár (Pandion haliaetus), kačica divá (Anas platyrhynchos), chochlačka vrkočatá (Aythya fuligulathe), chochlačka veľká (A. ferina), (Aythya Marila), ľadovka dlhochvostá (Clangula hyemallis), turpan tmavý (Melanitta fusca), a turpan čierny (M. nigra). Medzi chránenými cicavcami nájdeme lasicu hranostaj (Mustella erminea), kunu lesnú (Martes Martes) a bobra vodného (Castor fiber). Vyskytuje sa tu aj nezvyčajný druh, hraboš panónsky severský (Microtus oeconomus mehelyi), známy z doby ľadovej, ktorý je v súčasnosti prísne chránený.