Flóra v národnom parku Djerdap je zastúpená asi 1100 taxónmi vyšších rastlín. Prítomnosť terciárnych reliktov ako sú dráč obyčajný (European barberry), orech kráľovský (Common walnut), brečtan popínavý (Hedera helix), škumpa vlasatá (Smoke tree), klokoč perovitý (European bladdernut), orgován obyčajný (Syringa vulgaris), brestovec južný (Celtis australis), cezmína ostrolistá (Ilex aquifolium), tis obyčajný (Taxus baccata), listnatec ostnistý (Ruscus aculeatus), listnatec jazykovitý (Ruscus hypoglossum), lieska turecká (Corylus colurna), buk lesný (Fagus moesiaca), buk východný (Fagus orientalis), na území národného parku Djerdap naznačuje jeho neobyčajné vlastnosti.

Pred prehradením Dunaja a vytvorením priehrad sa v djerdapskej časti Dunaja vyskytovalo približne 60 druhov rýb. Jeho prehradenie viedlo k výrazným zmenám vo výške vodnej hladiny, k vzniku veľkej plochy so stojatou vodou a tiež ku zmenám reliéfu dna riečneho koryta. V súčastnosti sa v tejto časti Dunaja nachádza asi 58 druhov rýb. K najvýznamnejším druhom patria: sumec veľký (Silurus glanis), zubáč veľkoústy (Stizostedion lucioperca), zubáč volžský (Stizostedion volgensis), pleskáč vysoký (Abramis brama), jalec maloústy (Leuciscus cephalus), jeseter malý (Acipenser ruthenus), parma obecná (Barbus barbus), pleskáč siný (Abramis ballerus) a ďalšie.

Na území Djerdap sa nachádza 13 druhov obojživelníkov, ktoré sú klasifikované ako prísne chránené, okrem zelených žiab, ktoré spadajú do kategórie chránených druhov. Medzi prísne chránené druhy patria: salamandra škvrnitá (Salamandra salamandra), mlok bodkovaný (Lissotriton vulgaris), kunka žltobruchá (Bombina variegata), ropucha obyčajná (Bufo bufo), rosnička zelená (Hyla arborea), skokan štíhly (Rana dalmatina) a ďalšie.

Územie národného parku Djerdap obýva 14 z 25 známych druhov plazov na území Srbska. Bol tu zaznamenaný výskyt dvoch druhov korytnačiek, šesť druhov jašteríc a šesť druhov hadov (z toho len jeden jedovatý).

Národný park Djerdap disponuje pestrou biodiverzitou vtákov, vďaka ktorým je klasifikovaný ako Významné vtáčie územie (IBA). V súčasnosti v ňom bola potvrdená prítomnosť viac ako 270 druhov vtákov, z celkového počtu 360 zaznamenaných druhov na území Srbska.

V národného parku Djerdap sa taktiež nachádza asi 60 z 98 druhov cicavcov registrovaných na území Srbska. Medzi prísne chránené druhy sú zaradené: dulovnica väčšia (Neomys fodiens), piskor lesný (Sorex araneus), hraboš vodný (Arvicola amphibius), plch hôrny (Dryomys nitedula), lasica myšožravá (Mustela nivalis), tchor tmavý (Mustela putorius), rys ostrovid (Lynx lynx) a 14 druhov netopierov.