Intenzívna sedimentácia čiastočiek ílu blízko brehov v dolnej často povodia rieky Prut viedla k vytvoreniu množstva plytkých jazier s vysokou druhovou rozmanitosťou, a to najmä vtáctva. Stretávajú sa tu mokraďné druhy s typickými stepnými druhmi ako aj množstvo sťahovavého vtáctva na ceste zo strednej a severnej Európy do delty Dunaja.

Vegetácia je zastúpená prirodzenými spoločenstvami pasienkov a lesov typických pre aluviálne pôdy, ktoré sú pravidelne zaplavované a ovplyvnené i zmenami hladín podzemnej vody. Na lúkach možno nájsť až 200 druhov rastlín. Lesná vegetácia je tvorená najmä vŕbou Salix spp. a topoľom Populus spp. Vodné rastlinstvo je zastúpené tromi globálne ohrozenými druhmi marsilea štvorlistá (Marsilea quadrifolia), salvínia plávajúca (Salvinia natans) a kotvica plávajúca (Trapa natans), ktoré sú chránené aj v rámci Bernského Dohovoru a Smernice o biotopoch. Tiež sa tu vyskytujú ohrozené a vzácne druhy ako lekno biele (Nymphaea alba), papradník močiarny (Thelypteris palustris), leknovec štítnatý (Nymphoides peltata), Vallisneria spiralis, rezavka aloovitá (Stratiotes aloides), žabník trávovitý (Alisma gramineum), kosatec žltý (Iris pseudacorus), šípovka vodná (Sagittaria sagittifolia), Potamogeton crispi, Ceratophyllum demersum a iné.

Povodie Dolného Prutu predstavuje významné odpočinkové miesto pre migrujúce druhy vtákov. Na jar a na jeseň v čase migrácie tu možno vidieť až 20 000 vtákov. Neuveriteľný počet 239 druhov z celkového počtu 500 európskych druhov vtákov využíva túto oblasť na hniezdenie, rozmnožovanie alebo ako lovisko a odpočívadlo počas migrácie. Z nich je 65 druhov zaradených do zoznamu EÚ Smernica o vtákoch, z toho tri druhy – orliak morský (Haliaeetus albicilla), hvizdák tenkozobý (Numenius tenuirostris) a pelikán ružový (Pelecanus onocrotalus) – sú zaradené v Prílohe I a 113 druhov v Prílohe II Dohovoru o ochrane sťahovavých druhov voľne žijúcich živočíchov.

Okrem toho ďalších 40 druhov – 5 bezstavovcov, 1 mäkkýš, 9 rýb, 10 obojživelníkov, 4 plazy a 11 druhov cicavcov – sú chránené v zmysle Smernice o biotopoch. Z nich spomenieme napr. klinovku žltonohú (Gomphus flavipes). Vyskytuje sa tu aj početná populácia podenky veľkej (Palingenia longicauda), ktorá je najväčšou a najviac ohrozenou podenkou v Európe a taktiež sa tu nachádza i populácia vzácneho vodného chrobáka Potamophilus acuminatus.

Na terasách a hrádzach rieky Prut sú vhodné biotopy pre rôzne druhy hlodavcov ako je napr. syseľ pasienkový (Spermophilus citellus), myšovka stepná (Sicista subtilis) a chrček poľný (Cricetus cricetus), ktorý si v mäkkej pôde buduje bludisko podzemných chodieb. Množstvo drobných hlodavcov láka rôzne druhy dravých vtákov, napr. hadiara krátkoprstého (Circaetus gallicus), orla krikľavého (Aquila pomarina), orla kráľovského (Aquila heliaca) a sokola sťahovavého (Falco peregrinus). Svoje zastúpenie medzi dravcami tu má aj šakal zlatý (Canis aureus).

Fauna rýb v rieke Prut je dobrou ukážkou ichtyofauny povodia Dunaja. Dolný tok rieky Prut je významným neresiskom a migračným koridorom mnohých vzácnych druhov rýb, vrátane jeseterov.