Dunav ulazi u Slovačku kroz tzv. Devinsku branu (pre Porta Hungarica), prolaz – geografsku jedinicu nastalu završetkom Karpatskog grebena – i teče kroz zemlju u dužini od 172 km. Unutar ovog predela, između njegovih levih pritoka Morave i Ipelja, nalazi se nekoliko zaštićenih područja, uključujući Zaštićeni predeo poplavnog područja Dunava. Sastoji se od bogate mreže rukavaca i kompleksa susednih močvara. Posebno u gornjem delu područja – gde reka planinskog karaktera i brzog toka prelazi u ogromnu ravničarsku reku sporog toka – sistem rukavaca je veoma dobro razvijen i čini tzv. kopnenu deltu Dunava (između sela Dobrohošt i Sap), najveću u Evropi. Jaka rečna aktivnost stvorila je jedinstveni mozaik različitih staništa stvorenih režimom poplave. U prošlosti najistaknutiji bočni rukavci bili su mali Dunav na slovačkoj strani i mađarski Moson Dunav. Oni okružuju područja ostrva Žitni i Sigetkeza, koja se sastoje od vrlo plodnog crnog tla, a u isto vreme su i najveće nalazište pitke vode u celoj Evropi. Tоkom poslednjih 200 godina režim vode Dunava dramatično je promenjen – smanjenje poplavnih područja izgradnjom nasipa za zaštitu od poplava i brana te ravnanjem i nasipavanjem rečnog korita. Brojni bočni rukavci su odsečeni i voda je postala stajaća. Zbog nepostojanja dinamičkih procesa ​​ne stvaraju se novi rukavci. Godine 1992. brana Gabčikovo počela je s radom s namerom da se poboljša međunarodna plovidba i proizvodnja električne energije. To je bilo popraćeno s više negativnih uticaja. Prvo, povećanje dubine i brzine, a potom i nestajanje šljunka (čak i ojačanog tokom ekstrakcije), čime je pticama onemogućeno da grade gnezda na šljunkovitim pragovima. Zatim, snižavanje nivoa podzemnih voda, a time i njene količine u bočnim rukavcima. Srećom, situacija postaje bolja zahvaljujući inicijativama za očuvanje prirode tokom posljednjih godina. BROZ sprovodi mere obnove rečnih rukavaca unutar celog područja Dunava u Slovačkoj.