Podunavlje se u današnjem obliku razvilo tek pre nekoliko hiljada godina. Posle poslednjeg ledenog doba vodostaj Dunava povećao se zbog topljenja leda, probijajući široku i duboku dolinu kroz planine i formirajući divan predeo okuke Dunava. Taložeći se, Dunav stvara ostrva na području Nacionalnog parka, kao što je delimično zaštićeno ostrvo Senandrija.

Dunav je dom mnogim retkim vrstama riba, kao što su veliki vretenar(Zingel zingel), mali vretenarZingel streber) i prugasti balavac (Gymnocephalus schraetser). Sve tri vrste žive u glavnom rukavcu budući da su im potrebne brze vode. Aktivne su noću, a hranu traže u plitkim vodama. Ishrana im se sastoji od malih životinja ili organskih ostataka nanetih vodom, koje traže na dnu korita, na šljunku ili između vode i šljunka. Ikru takođe ostavljaju u plitkim i brzim vodama.

Najvrednije vrste u Dunavu jesu one koje su se razvile u Dunavu ili njegovim pritokama te čije je širenje, a time i očuvanje, ograničeno na ove vode. Kao rezultat jaružanja u Dunavu ove su vrste pretrpele ozbiljnu štetu. Dalji regulatorni projekti mogu dovesti do nestanka ovakvih vrsta iz ovog dela reke.