Poseban mozaik vodnih i kopnenih ekosistema važan je centar bioraznolikosti Gornjeg Podunavlja. Močvarne šume – šume i močvare – predivan su dom srnama i crvenom hrastu. Voda je stanište retkih i ugroženih vrsta poput Hippuris vulgaris, Hottonia palustris, Ranunculus lingua, belog i žutog lokvanja i Dactyorhiza incarnata. Bogatstvo bioraznolikosti ukazuje na visok nivo raznovrsnosti tipova biljaka koje predstavlja 51 biljna celina s više od 1 000 vrsta biljaka. Gornje Podunavlje je prirodno stanište za 55 različitih vrsta riba, 11 vrsta vodozemaca, 9 vrsta gmizavaca, 230 vrsta ptica i 51 vrstu sisara, kao i za brojne vrste beskičmenjaka, uključujući i fascinantnu faunu s više od 60 vrsta leptira. U predelu Karapandža, na severnom delu šumskog područja, s težinom od oko 600 kubika po hektaru naširoko su poznate šume hrasta, koje su među najboljima u državi. Hrast se koristi za proizvodnju genetski izuzetno vrednog semena. Više od 30 vrsta životinja nalazi se na preliminarnom popisu prirodnih retkosti flore u Srbiji. Životinjske vrste od posebne važnosti su:

- Orao belorepan (Haliaetus albicilla) – najveća ptica grabljivica u srednjoj Evropi predstavlja vrstu čija je ugroženost poprimila međunarodne proporcije. Od trideset parova koji se gnezde u Srbiji i Vojvodini, trećina se gnezdi u Specijalnom rezervatu prirode Gornje Podunavlje.

- Crna roda (Ciconia nigra) – proglašena je prirodnom retkošću u Srbiji. Na području Specijalnog rezervata stanište ima 20–25 parova, što predstavlja četvrtinu ukupne populacije u Srbiji.

- Veliki vranac (Phalacrocorax carbo) – vrsta koja je u Srbiji izumrla tokom XX veka. U poslednjih 15 godina dogodili su se pomaci u ponovnoj kolonizaciji i 4 para su se vratila u područje.

- Kolonije čaplji (Ardea sp., Ardeola sp., Nycticorax sp., Egretta sp.) – prema rezultatima detaljnog mapiranja sprovedenog 1999. godine zabeleženo je nekoliko stalnih kolonija čaplji koje nastanjuju Specijalni rezervat.

- Divlje patke (Anas sp., Aythya sp.) i guske (Anser sp.) – vrste koje nastanjuju ovo područje uglavnom zimi i tokom migracije. Tokom tog razdoblja više desetina hiljada jedinki može se videti u ovom području.