Nacionalni park Dunav-Ipelj obuhvata planine Piliš, Višegrad i Berženj, netaknute delove doline Ipelj i delove ostrva Senandrije.

Podnožje planina Piliš, koje se proteže od Ostrogona do Budimpešte, sastavljeno je od krečnjaka i dolomita. Većina od 200 pećina Nacionalnog parka nalazi se na ovom području i staništa su retkim vrstama šišmiša.

Vulkanske stene Višegrada i planine Visokog Berženja razdvojile su se tokom poslednjeg ledenog doba na preseku Dunava.

Flora Nacionalnog parka izuzetno je složena. Varira od hrastovih šuma, zajednica hrasta lužnjaka i običnog graba te lugova bukve preko šuma u gudurama do vegetacije poplavnih područja uz reke. Na višim, hladnijim delovima planinskih padina hrast kitnjak meša se sa grabovima i stvara šume hrasta kitnjaka i običnog graba. Budući da hrast raste niže, formira debeli sloj koji pruža hlad. U ovim mračnijim delovima šume manje je razvijen nivo žbunja a na nivou biljaka živi samo nekoliko višegodišnjih vrsta, kao što je dobro poznata visibaba, koja leto i zimu provodi pod tlom u obliku lukovice.

Predeo rečnih dolina vrlo je različit od onoga na Pilišu i Berženju. Na obalama uskih potoka raste crna joha, a u nižim krajevima žalosna vrba. Prirodni planinski travnjaci plitkog su tla, bez dubokih šuma. Na stenovitim grebenima i južnim, strmim padinama nalaze se kameniti travnjaci. Na mestima gde su bolji uslovi tla razvijaju se livade.

Nacionalni park pruža siguran dom mnogim, više ili manje ugroženim, životinjskim vrstama. Insekti, vodozemci, gmizavci, ptice i sisari uspevaju na zaštićenim područjima brda, dolina i vodenih staništa. Kada govorimo o pticama, orao krstaš, soko, žuta pčelarica i detlić ležu jaja u ovim zaštićenim područjima.

Strižibuba je veličanstven primer iz faune insekata, a takođe se pojavljuje na logotipu Nacionalnog parka. Široko je rasprostranjena u starijim bukovim šumama, ali smanjenje područja tih šuma preti njihovom opstanku.

Ris je naš visoko zaštićen sisar mesožder. Gotovo je u potpunosti nestao iz ovoga područja na početku XX veka. U posljednjih 10 godina u Berženju su zabeležena samo povremena opažanja. Ris je izuzetno oprezan mesožder, osetljiv na uznemirujuće prisustvo čoveka.