Die obere Donau ist ein Gebirgsfluss, sie transportiert große Mengen an Schotter von den Alpen in das Flachland. Vor den Regulationsmaßnahmen im 19. Jahrhundert war die Donau ein reich strukturiertes Flusssystem aus großen und kleinen Haupt- und Seitenarmen und einer Unzahl von Altwassern, die Abflussmenge änderte sich stetig. Die Dynamik der Donau führte zu andauernden Erosionen und veränderte so die Landschaft aufs stets aufs Neue. Neue Gewässer entstanden, Inseln wurden aufgeschüttet, Altwasser verschlammten, Auwälder entstanden und vergingen wieder. Seit der letzten Eiszeit ist die Donau die Lebensader eines großen Einzugsgebietes. Seitdem Siedler an die Donau kamen, wurde der Fluss auch von Menschen beeinflusst.

Das ausschlaggebenden jedoch sind die Veränderungen, die während des 19. Jahrhunderts in den Flussauen durchgeführt wurden. Das Ergebnis der Begradigung und der Eindeichung der Donau war die Zerstörung der reichen Artenvielfalt.

Interessen der Landnutzung in den Auen, etwa der Landwirtschaft, der Forstwirtschaft und der Drang zum Besiedeln, haben in den letzten zwei Jahrzehnten zu ernsthaften Eingriffen in den Fluss und in die Überschwemmungsbereiche geführt. Die Fließgewässerregulationen, wie die Korrekturen der Donau um 1830, in Verbindung mit Verlegung der Ufer, legte die Donau in ein Kanalähnliches Korsett fest, ohne Anbindung an die Nebenflüsse, Altwässer oder die Auengebiete. Heutzutage schneiden die Dämme den Fluss von Altwasserarmen und Auen ab und sorgen dafür, dass Altwasser und Tümpel nicht mehr mit Frischwasser versorgt werden können. Die Wasserqualität leidet erheblich unter diesem Mangel, zusätzlich verschlammen dadurch Altwasser schneller. Wegen der monotonen und erhöhten Fließgeschwindigkeit hat sich der Fluss tiefer in das Bett eingeschnitten und dabei auch den Grundwasserspiegel der umliegenden Auengebiete abgesenkt. Das Ergebnis der Regulationsmaßnahmen waren nur noch selten auftretende Hochwasser. Um die fortschreitende Flussbetterosion zu verhindern, wurden die vier Staustufen Bertoldsheim, Bittenbrunn, Bergheim und Ingolstadt um 1970 gebaut und zum Zweck der Stromerzeugung genutzt. Dadurch wurden aber auch der Sedimenttransport und die Durchgängigkeit unterbrochen und der Fließcharakter ging in den Stauseen verloren.

Das Naturschutzprojekt „Dynamisierung der Donauauen zwischen Neuburg und Ingolstadt” könnte der natürlichen Dynamik der Donau und ihren unterschiedlichen Lebensräumen zugute kommen. Das Projekt beinhaltet einen Umgehungsbach um eine Staustufe, und Ökologische Flutungen des Auwaldes und außerdem besteht durch ein Niedrigwassermanagement die Möglichkeit die natürlichen Schwankungen des Grundwassers wiederherzustellen.