A Duna Szlovákiába a korábban Porta Hungaricának is nevezett Dévényi-kapu áttörésnél – a Kárpátok vonulatának végződése alkotta földrajzi egységnél – lép be, majd az országban 172 km-es utat tesz meg. Ezen a szakaszon – bal oldali mellékfolyói, a Morva és az Ipoly torkolatai között – számos védett területet hoztak létre, köztük a Duna Ártér Tájvédelmi Körzetet, amelyet folyóágak gazdag hálózata, és a hozzájuk kapcsolódó vizes élőhelyek sokasága alkot. Az ágrendszer különösen a terület felső szakaszán fejlődött ki igen gazdagon, ahol a hegyvidéki jellegű, gyors folyású víz hatalmas, lassan hömpölygő síkvidéki folyammá válik. Itt, Dobrohost és Sap települések között alakította ki a folyó az úgynevezett felső vagy „szárazföldi” Duna-deltát, ami Európában a legnagyobb kiterjedésű ágrendszer. A folyó erőteljes munkája következtében egyedülálló élhely-mozaik jöhetett itt létre, amit elsősorban a vízjárás alakít. A múltban a legjelentősebb oldalágak szlovák oldalon a Kis-Duna, magyar oldalon pedig a Mosoni-Duna voltak. Vizük a Žitný-szigetet és a Szigetközt zárta közre, melyeket igen termékeny, fekete talaj, valamint egész Európa legnagyobb ivóvízkészlete jellemzett. Az utóbbi 200 év során árvízvédelmi gátak építésével, keresztgátakkal, a meder kiegyenesítésével, a partoldalak kiépítésével lecsökkentették az ártér nagyságát, aminek következtében a Duna vízjárása drasztikusan megváltozott. Számos oldalágat elvágtak a folyótól, amelyek ezáltal állóvízzé változtak. A folyódinamika megszűnésével nem alakulnak ki újabb mellékágak. A nemzetközi hajózóút biztosítása és elektromos áram termelése céljából 1992-ben beindult a gabčíkovói erőmű. Megépítése további káros hatásokkal járt. Egyrészt a folyómeder mélyülését és a víz sebességének növelését eredményezte, ami a kavicshordalék eltűnésével járt (ezt tovább erősítette a folytatódó kitermelés), ami pedig korlátozta a kavicszátonyon költő madarak fészkelési lehetőségeit. Másrészt csökkentette a talajvízszintet, és ezzel összefüggésben a mellékágakban maradó víz mennyiségét. Az utóbbi évek természetvédelmi célú projektjeinek hála szerencsére a helyzet mára javulóban van. A BROZ a teljes szlovákiai Duna-szakaszon végez folyó mellékág rekonstrukciós projekteket.