E vízi környezet életadója a Duna. A vízállástól függően számos más víztér kapcsolódik hozzá. Megkülönböztetünk szabadon áramló vizű mellékágakat, illetve feliszapolódott korábbi folyóágat, s ezek között olykor sűrű folyómenti erdők találhatók. Különlegesség, hogy itt száraz, „xerikus” élőhelyek is előfordulnak. Az erdők belsejében nagyszámú fajnak otthont adó rétek terülnek el, melyek egy részét valójában az ember alakította ki, több évszázaddal ezelőtt.

A Duna jobb partjának mellékágai jelentős folyódinamikával rendelkeznek. A Duna itt a Bécsi-medence mélyedése felé igyekszik, és rohanó vize a partfalakon függőleges leszakadásokat alakít ki, amit elsősorban jégmadarak használnak költésre, de a hód is előszeretettel építi gátjait az ilyen meredek partoldalaknál. Az áramló vízben ritka a vízinövényzet. Az élőhelyet hatalmas, az áradások által kidöntött fák gazdagítják: az ilyen holt fában rovarok találnak menedéket illetve táplálékot, a jégmadár és más madárfajok pedig kilátópontként, őrhelyként tudják hasznosítani ezeket a fatörzseket.

A meredek partokkal ellentétben a homok- és kavicszátonyok a folyókanyarulatok belső ívén képződnek. Itt is pionír növényfajok – füzek és fekete nyár – tudnak megtelepedni, valamint olyan specialista fajok is, mint az iszaprojt (Limosella), amely az egyik legkisebb termetű honos virágos növényünk.

A Duna bal partján található korábbi mellékágak csaknem kivétel nélkül feltöltődő jellegű vízterek. A Duna vize egykor ezekben is áramlott, a főmeder áthelyeződése és a szabályozások révén azonban állóvizekké alakultak, amelyeken a növényzet nagy sűrűségben jelenik meg. Ma egész Európa legdiverzebb vízi és mocsári élőhelyei találhatók itt.

A holtágakban is rengeteg rovar, kétéltű, mocsári teknős, sikló talál otthonra, emellett sokféle hal és vízimadár is, mint például a bölömbika vagy a nádiposzáta fajok. Jellegzetes növényzettípus a nádas, vízitök mezők díszlenek, a feliszapolódott részeket pedig évelő lágyszárúak borítják.

A Duna mentén előforduló erdők kétféle csoportba sorolhatók: puhafa illetve keményfa ligeterdők. A puhafás társulások fajai, mint a füzek, a nyarak és az éger jól tűrik a gyakori elöntést, a keményfa ligeterdőket ezzel szemben tölgy, juhar, kőris, hárs és szil alkotja. A nemzeti park folyóártéri erdeiben a másutt veszélyben levő fehér fűzzel (Salix alba) és fekete nyárral (Populus nigra) is gyakran lehet találkozni. A nemzeti parki erdőkben már nem folyik erdészeti tevékenység; ezek helyett csupán élőhely helyreállítási projektek folyhatnak. Fák kidöntésére engedélye itt csak a hódnak van!

A rendszeresen elöntött, tápanyagban gazdag talajú ártéri réteken sajátos növénytársulások jelennek meg. Ennek eredményeként olyan ritka állatfajok, mint amilyen például a haris, új élőhelyekre találhattak a modern mezőgazdaság által tönkretett biotópok helyett. Vannak egészen száraz területek is, amelyek szinte szavanna jellegű élőhelyek, és egészen sajátos növény- és állatvilágnak nyújtanak menedéket. Homoktövis, árvalányhaj-fajok, és számos orchidea-faj jellemzi ezeket a xerikus élőhelyeket. Sokféle pók, futóbogár és hangya él itt, és a fűszálak között zsákmányra leső imádkozó sáskát is felfedezhetünk.