Flora Rezervaţiei este reprezentată de 310 specii de plante vasculare, inclusiv 10 specii de arbori, 11 de arbuşti, 5 de liane şi 284 specii de plante ierboase. Dintre plantele vulnerabile şi periclitate incluse în Cartea Roşie a Republicii Moldova fac parte 5 specii: nufărul alb, peştisoara, cornacii, feriga de baltă, viţa de pădure.

Conform cercetărilor efectuate de către zoologi, complexul faunistic de animale vertebrate terestre este constituit din 248 specii, inclusiv din 40 de specii de mamifere sau 54,8% din numărul de specii de mamifere din Republica Moldova, 192 de specii de păsări (67%), 7 specii de reptile (50%) şi 9 specii de amfibieni (69,2% din numărul total de amfibieni din Republica Moldova). Păsările incluse în Cartea Roşie a Republicii Moldova: cormoranul mic, egreta mare, stîrcul galben, lopătarul, pelicanul comun, lebăda de vară, ţigănuşul, etc. În Rezervaţie se întâlnesc specii rare de mamifere precum vidra, pisica sălbatică, hermelina, nurca europeană, mistreţul, etc.

Este important de menţionat semnificaţia remarcabilă a Rezervaţiei ca popas pentru hrănire, reproducere şi iernat a unui număr mare de păsari acvatice şi semiacvatice şi în acelaşi timp refugiu pentru specii rare şi protejate la nivel naţional şi internaţional.

Fauna acvatică este caracterizată de un număr de peste 30 specii de peşti. Există specii rare ca plătica, bibanul, cega, bibanul-soare, mihalţul, ţigănuşul. Lacul Beleu, pe lângă faptul că oferă condiţii favorabile pentru multe specii de animale vertebrate terestre, serveşte ca un loc de reproducere pentru diferite specii de peşti care sosesc din Prut şi Dunăre.

Pe 20 iunie 2000, Rezervaţia Naturală “Prutul de Jos” a fost inclusă ca parte componentă a Sitului Ramsar 1029 (WI Site 3MD001).