Na Slovensko vteká Dunaj tzv. Devínskou bránou (kedysi Porta Hungarica), čo je prielomový úsek – geografický útvar tvorený končiacim sa hrebeňom Karpát a krajinou preteká v celkovej dĺžke 172 km. V tomto úseku Dunaja, medzi jeho ľavostrannými prítokmi Moravou a Ipľom, bolo vyhlásených viacero chránených území, medzi nimi aj Chránená krajinná oblasť Dunajské luhy. Nachádza sa tu rozsiahla sieť riečnych ramien a komplexov priľahlých mokradí. Najmä v hornej časti územia, kde sa prudko tečúci tok horského charakteru mení na širokú a pomaly prúdiacu nížinnú rieku, je systém ramien výnimočne bohatý a vytvára takzvanú vnútrozemskú deltu Dunaja (medzi obcami Dobrohošť a Sap), najväčšiu v celej Európe. Mohutná aktivita rieky vytvorila unikátnu mozaiku rôznych biotopov, formovaných záplavovým režimom. V minulosti najvýraznejšími bočnými ramenami boli na slovenskej strane Malý Dunaj a na maďarskej Mošonský Dunaj. Ohraničujú oblasti Žitný ostrov a Szigetköz, ktoré sú charakteristické jednou z najúrodnejších čiernozemí a súčasne najvýdatnejšími zásobami pitnej vody v celej Európe. V priebehu posledných 200 rokov bol vodný režim Dunaja značne pozmenený – vybudovaním protipovodňových hrádzí sa zmenšila plocha inundácie, riečne koryto bolo prehradené, napriamené, vybagrované a jeho brehy obložené kamením. Početné bočné ramená boli odrezané od hlavného toku a voda v nich sa stala stojatou. Kvôli absencii dynamických procesov nedochádza viac k prirodzenému vytváraniu nových ramien. V roku 1992 bolo za účelom zlepšenia podmienok pre medzinárodnú plavbu a výroby elektriny do prevádzky uvedené vodné dielo Gabčíkovo. To so sebou prinieslo niekoľko negatívnych dopadov. Jednak zvýšenie hĺbky a rýchlosti prúdenia a s tým spojené ubúdanie štrku (ešte umocnené neustálou ťažbou), limitujúce pre druhy vtákov hniezdiace na štrkových laviciach. Ďalej je to pokles hladiny spodnej vody, a tým pádom aj jej množstva v bočných ramenách. Našťastie k zlepšeniu situácie v posledných rokoch aspoň čiastočne prispievajú ochranári. Na celom úseku Dunaja BROZ realizuje revitalizáciu systému riečnych ramien.