Rumunija se graniči s Dunavom na predelu dužem od 1 000 km. Taj deo reke prelazi preko Vlaške nizije u smeru istoka. U blizini grada Calarsija Dunav se razilazi u dva toka (Borcea i stari Dunav), okružujući veliko ostrvo (Balta Ialomitei), koje se uglavnom koristi za poljoprivredu. Dunav potom skreće prema severu, pod pritiskom brda na platou Dobrudže koja odvajaju reku od Crnog mora. Reka stvara još jedno ostrvo, malo močvarno područje Braila, ramsarsko područje, koje je još uvek uglavnom pokriveno poplavnim šumama i močvarama.

U blizini grada Galatija, gde je Dunav širok otprilike 1 km, reka dolazi do severne tačke brda Dobrudže, koju je formirala geološki stara (hercinska) planina Macin. Reka tu ponovo skreće prema istoku, razdvaja se u nekoliko tokova pri prolasku kroz dunavsku deltu, kako bi došla do Crnog mora.

Kod Galatija, blizu najsevernije tačke zavoja Dunava oko planine Macin, Dunav prima svoje poslednje dve pritoke, reke Siret (ukupne dužine 470 km) i Prut (ukupne dužine 953 km). Donji tok reke Prut prolazi kroz približno 300 km dugačku poplavnu niziju (s otprilike 400 km² funkcionalne poplavne nizije) s još uvek slobodnim tokom, koji je skoro dva puta duži zbog svoje izrazite vijugavosti. Reka zato predstavlja važan pravac selidbe u smeru sever – jug, te ulaz u rezervat biosfere delte Dunava. Prut takođe označava granicu između Rumunije i Moldavije. Najniži deo poplavne nizije zaštićen je s rumunske strane u sklopu Parka prirode poplavna nizija Donjeg Pruta (Rumunija), a s moldavske strane sa naučnim rezervatom Donji Prut i jezerima Beleu i Manta – ramsarskim područjima površine 14 400 ha močvara.

Park prirode poplavna nizija Donjeg Pruta, s dužinom od otprilike 145 km i površinom od 8 247 ha, uključuje rumunski deo meandara, šumskih područja (2 627 ha), bara i jezera (4 925 ha), kao i tršćake sve do poplavnog nasipa, kao i Dunav od ušća reke Prut uzvodno do Galatiji pa do jezera Brateš.

Na hidromorfologiju reke Prut uticala je gradnja brane Stanka-Kostesti na srednjem delu Pruta (ukupni volumen: 1 400 milijuna m³, dužina: 60 km) koja je odsekla reku Prut od bogatih sedimentnih nanosa u gornjem toku reke. Glavna karakteristika reke je bioraznolikost. Uprkos tome što je poplavna nizija smanjena nasipima, mnoga prirodna staništa i vrste su još dobro očuvani.