Река Дунав навлиза в Словакия през така наречената Девинска Порта (бивша „Унгарска Порта”), важна геоморфоложка област, образувана в крайната част на Карпатите и преминаща през страната в протежение на 172 км. В тази част, между левите й притоци Морава и Ипел, са определени няколко защитени зони, включително и Защитена Зона Дунавски Заливни Територии. Тя се състои от богата мрежа от речни разклонения и система от съседни влажни зони.В горната част на района - където бързо течащата река от планински характер се превръща в огромна и бавно течаща равнинна река – системата от разклонения е изключително силно развита и представлява най-голямата в Европа Вътрешна Дунавска Делта (между селата Доброхощ и Сап). Силната речна дейност създава уникална мозайка от различни хабитати, образувани от заливния режим. В миналото, най-забележителните странични ръкави са били Малки Дунав от Словашка страна и Унгарския Мошонски Дунав.

Те обграждат районите на острови Житни и Сигеткьоз, където има много плодородна черноземна почва и се намират най-големите находища на питейна вода в цяла Европа. През последните 200 години водният режим на река Дунав е драстично променен - заливната зона е намалена заради изграждането на предпазни диги срещу наводнения, както и заради преграждането, изравняването, изкопаването и укрепването на речното корито. Много от страничните ръкави са прекъснати и водата застоява. Поради липсата на динамични процеси, не се създават нови разклонения. За да се подобри международното корабоплаване и за производство на електроенергия през 1992 г. започва да работи язовир Габчиково. Но това има предимно отрицателно въздействие. Първо, увеличаването на дълбочината и скоростта и последващото изчезване на чакъл (което е засилено от продължаващото извличане), ограничава видовете птици, които гнездят на чакълести плитчини. Второ, понижаването на нивото на подпочвените води намалява обема в страничните ръкави. За щастие, благодарение на инициативите за опазване на природата през последните години, ситуацията се подобрява. Братиславското регионално природозащитно сдружение (БРПС) прилага мерки за възстановяване на речните разклонения в целият участък на река Дунав в Словакия.